ظل أداء الهيئة يتأرجح بين الصعود والهبوط حسب الإمكانيات التي تتوفر للهيئة وذلك عبر حقب مميزة في تاريخ الهيئة تلخص كما يلي:

الحقبة: 1898م – 1985م:

شهدت تشييد الخطوط الحديدية والتي إكتمل معظمها في العام 1930م.

كانت السكة حديد تقوم خلال تلك القترة بنقل أكثر من 80% من صادرات وواردات البلاد وأكثر من 90% من نقليات الركاب.

حققت السكة حديد خلال تلك الفترة أعلي معدلات للنقل بلغت 3.2 مليون طناً و3.4 مليون راكباً في العام 1971/1972 وذلك لتوفر إمكانيات مقدرة بلغت 156 وابور سفري بخار وديزل و60 وابور مناورة و 6.301 عربة بضاعة و603 فنطاس زيوت و318 عربة  ركاب.

الحقبة: 1985م – 1991م:

شهدت هذه الحقبة إهمالاً متعمداً من قبل سلطة مايو للسكة حديد نتيجة لإختلاف سياسي مع نقابات العاملين. ونتيجة لذلك الإهمال ظل أداء السكة حديد يتناقص حتي وصل إلي أدنى مستوى له في العام 1990/1991م والذي تدنت فيه نقليات البضائع إلي نحو 323.000 طناً (396 طن كيلو متري).

الحقبة: 1991م – 1996م:

تزامنت هذه الحقبة حدثين أولهما تنفيذ مشروع إسعافي تحت إشراف البنك الدولي لإيقاف تدهور السكة حديد خلال الفترة 1990-1993م والذي بلغ إجمالي الصرف علي مكوناته مبلغ 76 مليون دولار والتي شملت تحديث الورش وإعادة تأهيل عدد مقدر من الوابورات وإجراء صيانات وإصلاحات لبعض الأقسام وتوفير عدد مقدر من الوابورات وإجراء صيانات وإصلاحات  لبعض الأقسام وتوفير أجهزة إتصال إضافة إلي تدريب عدد كبير من العاملين وثانيهما عقد مؤتمر جامع لإنقاذ السكة حديد في العام 1991م  والذي نتج عنه إعفاء الديون المتراكمة ومنحها الحرية الكاملة في وضع تعريفة النقل ودعم القوة الساحبة بشراء 6 وابورات ديزل سفرية.

أدى هذان الحدثان إلي إرتفاع النقليات من 424.000 طناً في العام 1990/1991م وتصاعدت حتى بلغ 2.1 مليون طناً في العام 1996م

الحقبة: 1997م – 2004م:

 بدأ أداء الهيئة خلال هذه الفترة يتراجع وذلك للأسباب التالية:

عدم تطبيق الخطة الشاملة Corporate Plan   المكملة للمشروع الإسعافي للفترة 1993/1998م بسبب الحصار الإقتصادي.

الظروف الأمنية الصعبة التي واجهت البلاد تلك الفترة والتي لم تمكن من قيام الدولة بتوفير التمويل اللازم البديل لمواصلة تأهيل السكة حديد.

بداية الحظر الأمريكي في العام 1997م والتوقف التام لقطع الغيار الخاصة بالوابورات الأمريكية التي تشكل 70% من أسطول الوابورات العاملة بالهيئة.