أهم المواقع الأثرية بولاية الخرطوم التي تتمثل في العصور التاريخية القديمة الثلاثة (القديم – الوسيط – الحديث). وأهم هذه المواقع:

خور أبو عنجة (10000-800 ق.م):

ويقع على بعد ثلاثة كيلو متر مربع من ملتقى الخور بالنيل ويرجع للعصر الحجري القديم ويعتبر (Arkell .J.A) أول من قام بالتنقيب في هذه المواقع في العام 1944م.

الشهيناب (6000-800 ق.م):

والذي يمثل العصر الحجري الحديث ويقع غرب النيل على بعد 48كم شمال محافظة كرري ولم يعثر على مدافن الموقع إلا أن الأبحاث أكدت أنهم طوروا صناعات الفخار وصقلوا أدواتهم الحجرية وأدخلوا آلة الأزميل القصير... وقام أيضاً بالتنقيب (Arkll. J.A) عام 1949-1950م.

مستشفى الخرطوم (8000-600 ق.م):

ويقع هذا داخل مستشفى الخرطوم ويرجع إلى العصر الحجري الوسيط ويطلق عليه حضارة الخرطوم الباكرة وكان نشاط الإنسان ذلك العصر جمع الثمار وصيد الأسماك وصنع الفخار غير الملصوق وأدوات حجرية ملصوقة قام بالتنقيب أيضاً (Arkell. J.A) عام 1949-1945م.

منطقة الجيلي (6000-3500 ق.م):

وهو يعتبر من العصر الحجري الحديث وتقع عند محطة سكة حديد الجيلي شمال الخرطوم بحري.. ووجدت هنالك مقابر لفترات تاريخية متتابعة حتى الفترة الإسلامية والموقع عبارة عن تل صناعي يختلف عن طبيعة المنطقة المحيطة به وبدأ التنقيب فيه عام 1971م بواسطة بعثة إيطالية تابعة لجامعة روما.