ورث السودان عند استقلاله من هيمنة الاستعمار في عام 1956 نظاما قضائيا اتسم بقدر كبير من الاستقلال والاحترام وذلك بشقيه المدني والشرعي وكانت سمته الأساسية فصله التام عن السلطة التنفيذية إعمالا لمبادئ القانون الإنجليزي العام الذي يختلف في هذا الصدد عن القانون المدني الأوروبي المطبق في مصر وعدد من الدول العربية الأخرى حيث تخضع الهيئة القضائية في حدود إدارية وإن كانت شكلية لا تؤثر بالضرورة على استقلال حيدة القضاة لوزير العدل وتتداخل وظائف المستشارين بالوزارة والترقية والنقل مع الهيئة القضائية،أما في السودان بدأت الهيئة القضائية مستقلة تماما عن وزارة العدل حتى في النواحي الإدارية وكان تعيين ومحاسبة وعزل وترقية القضاة يتم من داخل الهيئة القضائية بالنسبة لصغار القضاة وبواسطة رأس الدولة بالنسبة لرئيس القضاة وكبار القضاة وقد كفل الدستور السوداني الأول في عام 1956 مبدأ استقلال القضاة في الفصل الثاني الخص بالحقوق الأساسية حيث جاء في المادة التاسعة من الدستور أن "الهيئة القضائية مستقلة، وليس لأي سلطة حكومية تنفيذية كانت أو تشريعية حق التدخل في أعمالها أوالرقابة عليها" ونصت المادة 74 من الدستور على الاستقلال المالي للقضاء إذ استثنت رواتب القضاة من العرض أمام البرلمان ودفعها بموجب قانون خاص مباشر من إيرادات الدولة كما منع الدستور تعديل رواتب القضاة أو حقهم في المعاش بما يعود عليهم بالضرر كما نصت مواد أخرى في الفصل الثاني على تعيين رئيس القضاء بقرار من مجلس السيادة بعد التشاور مع رئيس القضاء السابق وتعيين قضاة المحكمة العليا بقرار من مجلس السيادة بعد التشاور مع رئيس القضاء أما القضاة الأدنى درجة فيتم تعيينهم بواسطة رئيس القضاء وفق قانون يصدره البرلمان بتحديد عدد القضاة وبالنسبة لعزل القضاة نص الدستور على عدم جواز عزل رئيس القضاة وقضاء المحكمة العليا إلا بأمر يصدر من مجلس السيادة إما بناء على توصية من رئيس القضاء وجميع أعضاء المحكمة العليا عدا العضو الموصي بعزله أو بناء على توصية صادرة من البرلمان في جلسة مشتركة للمجلسين بأغلبية ثلاثة أرباع الأعضاء فيما عدا ما تقدم فإن السلطات القضائية والإدارية وضعت في يد رئيس القضاء.

وفي عام 1965 تم تعديل الدستور بتحويل سلطات رئيس القضاء المذكورة إلى محكمة الاستئناف العليا.

وبعد الانقلاب العسكري في مايو 1969 انتقلت السلطات الإدارية إلى مجلس القضاء العالي المكون برئاسة رئيس الجمهورية وظل الحال كذلك حتى انقلاب يونية 1989 حينما انقلبت جميع الموازين وفقدت الهيئة القضائية كل مظهر للاستقلال سواء من الناحية الإدارية أو في القيام بدورها في تسيير العدالة وحماية حقوق المواطنين.